Esta cripta es uno de los ámbitos necrológicos más tétricos de España. Es de planta cuadrada como corresponde a su carácter terrenal y con un soporte central que conforma un haz de cuatro columnas. La columna expresa la relación entre el cielo y la tierra, evocando el reconocimiento del hombre hacia la divinidad. A los nichos, separados por las pilastras a las que se adosan escalofriantes figuras, y en ella la figura de la muerte, resaltando en estuco blanco sobre fondo negro se nos muestra en todas sus manifestaciones simbólicas: cuerpos en transición hacia la muerte aparecen en el apilastrado, esqueletos portadores de símbolos de finitud dominan desde los tímpanos presididos por un amenazador versículo bíblico, y en las bóvedas y muros, calaveras y huesos; hay otras representaciones complejas como la parca Láquesis en un ángulo, o la muerte arrastrando a unas trampas a la primera pareja, junto a figuras con doble rostro que parecen simbolizar la verdad que muestra el espejo de la muerte, objetos que también llevan los esqueletos, mientras que unos termes flanquean las puertas como verdaderos términos entre la vida y la muerte. Precedentes a esta cripta encontramos en las capillas oseas de Portugal o Italia.
La cripta se nos presenta como un retablo que "Temboury" interpretó como distintos estados del alma despúes de la muerte. Unos serían símbolos de resurrección, otros esqueletos que representan los condenados al infierno. Martín González vio relación de este retablos con las Danzas de la Muerte.
Podría considerarse este retablo de la cripta como un espejo en el que nos vemos todos: hombre, mujeres, clérigos, ...
La cartela manierista con sus angelillos es paralela en su disposición al sepulcro de los condes de Buenavista, aunque en estos una suavidad y carnosidad en el diseño de los elementos florales. En los ángulos de la Cripta aparecen figuras con doble rostro (vida-muerte). El rostro bifronte tanto en Ripa como en Alciato alude a la prudencia colocada en los ángulos de este lugar de penitencia. La Prudencia se nos muestra con triple rostro que alude tanto a las edades de la vida como al pasado, presente y futuro enlazando con las virtudes de la memoria, inteligencia y previsión que ha de tener el prudente.
La presencia del niño, elemento fundamental, no podía faltar. Pero la contraposición del niño frente a la pareja del otro relieve podría aludir a la presencia de la muerte en los momentos más inesperados, ya en la niñez, ya en la plenitud del amor.
Si el reloj es espejo de la vida, también lo es el espejo mismo, y así se representa en esta cripta pues los esqueletos los llevan mirándose en ellos, en los que se reflejan reyes y obispos.
En el fondo de la estancia se dispone un pequeño y tétrico retablo a uno y otro lado en composición simétrica y formando conjunto con los sepulcros de los Condes de Buenavista. Este se compone ante amplios doseles y urnas de paredes rectas y apoyadas en cabezas de animales, alrededor de una cartela acorazada, con querubines, cuernos de la abundancia y guirnaldas de frutas. Sobre ésto las figuras orantes de los Condes constituyen una nota festiva en este ámbito ya que se representan en plena juventud, con ricos vestidos y destacan por su belleza y sensación de vida en el ambiente fúnebre del antro.
Este tipo de sepulcros contribuyen a resaltar el contraste vida-muerte y ofrecen un paralelo con los sepulcros franceses en los que se representa la persona viva y muerta, entendiéndose como símbolo de destrucción y muerte del cuerpo frente a la salvación del alma. Soportan un frontón quebrado del que surge un esqueleto portador de la balanza del juicio en la que se pesan atributos reales ante el llanto de los angelillos.
El elemento central es la gran cartela vacía, sin inscripción, que sirve de fondo a una cruz dorada y con pedrería, símbolo de la redención. El oro, considerado en la tradición como el más precioso y perfecto de los metales es símbolo de la inmortalidad y de la inteligencia divina. La cruz, además lleva piedras preciosas símbolos de transmutación, de las tinieblas y el pecado, y espejos que representan diamantes que son símbolos de la inmortalidad. Es la cruz de la resurrección y la inmortalidad.